生物标志物，通常称为标志物或生物标志物，作为正常和致病过程中某些生物状态以及对治疗的潜在药理反应的可量化和可测量的指标。它们是诊断分析、确定新药开发目标和培育新品种的基础。它们在个性化医疗、药物开发、临床护理和分子育种等各个领域发挥着至关重要的作用。
近日，中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)的研究人员开发了动物生物标志物知识库(BioKA)，不仅提供了丰富的人类标志物信息，还解决了生物标志物资源的空白用于非人类动物疾病了解和育种研究。该成果在线发表于《核酸研究》杂志上。
BioKA 收录了 16,296 个与 951 种疾病/性状相关的生物标志物，这些生物标志物来自 31 个物种的 4,747 篇参考文献的综合汇编。精心策划的生物标志物包括 11,925 个基因/蛋白质生物标志物、1,784 个 miRNA 生物标志物、1,043 个突变生物标志物、773 个代谢生物标志物、357 个 circRNA 生物标志物和 127 个 lncRNA 生物标志物。
用户可以使用关键词或基因/蛋白质序列搜索特定的生物标志物，并访问全面的注释信息，包括蛋白质-蛋白质相互作用、miRNA靶标、变异信息和基因表达数据。
具体来说，BioKA专注于人类生物标志物研究，并重点通过各种实验手段验证生物标志物所使用的模型动物，从而为生物标志物的可靠性提供可追溯的支持。它还为 16 个物种的 8,784 个生物标志物提供同源注释，促进通过跨物种比较发现新的生物标志物和潜在的动物模型。
此外，BioKA 还提供涵盖 10 个物种和 7,320 个实体的生物标志物的交互式知识图可视化，整合了各种调控关系，包括蛋白质-蛋白质相互作用、circRNA-miRNA-mRNA 相互作用和 lncRNA-miRNA 关联。这支持新生物标志物的发现并促进相关机制的研究。
BioKA 提供的全面知识不仅推进了人类疾病研究，还有助于更深入地了解动物疾病并支持牲畜育种。